知网查重是指利用知网等专业查重软件进行文献查重，主要用于学术论文、期刊、毕业论文等文献的查重比对，以确保文献的原创性和学术规范性。而学校查重本科则是指学校利用自身的查重系统或软件对本科生提交的论文进行查重检测，主要用于评估学生的学术诚信和论文的抄袭情况。知网查重更注重学术领域的专业性和准确性，而学校查重本科更侧重于学生的学术水平和独立思考能力。

此外，知网查重通常需要购买专业的查重软件或服务，费用较高，但检测结果较为准确可靠；而学校查重本科则由学校提供查重服务，学生无需额外花费，但可能受限于学校查重系统的准确性和完整性。另外，知网查重一般适用于专业性较强的学术论文查重，而学校查重本科更偏向于对学生本科论文的查重要求，两者在应用场景和检测标准上存在一定差异。